L'agence poursuit 3 grandes missions :

L'observation de l'environnement et l'appui à l'évaluation des politiques publiques

- proposer aux décideurs des outils (indicateurs, dispositifs d’observation...) utiles pour définir leurs priorités et analyser les situations sous l’angle des enjeux économiques, sociaux et environnementaux, contribuant ainsi à améliorer la connaissance de l’environnement régional ;

- contribuer à améliorer l’information des pouvoirs publics sur les conséquences de leurs décisions, leur permettre d’en mesurer l’impact et d’adapter, le cas échéant, les ajustements nécessaires ; appui fourni dès la définition d’objectifs.

L'accompagnement des porteurs de projets

- aider au déploiement de démarches intégrant les objectifs de développement soutenable et à la généralisation de pratiques innovantes ;

- aider les porteurs de projets à concrétiser leurs actions et créer des dynamiques d'entrainement.

La formation et l’éducation relative à l'environnement

- développer et soutenir des initiatives relatives à la formation et à l’éducation relative à l’environnement à travers le dispositif partenarial SFFERE (Système de formation de formateurs à l’éducation relative à l’environnement) avec pour enjeu de promouvoir un changement, en profondeur, des mentalités et des comportements.

Et de manière transversale, l'agence vise également à faciliter l'accès à l'information et à mutualiser les connaissances et les savoir-faire, à travers :

- le développement d'outils facilitant la mise en commun d’informations provenant des activités de l’agence comme de celles de ses multiples partenaires ;
- l'animation de réseaux.