Alterre Bourgogne, association loi 1901, se compose de membres répartis en collèges, chaque membre ne pouvant faire partie que d’un seul collège.

Alterre Bourgogne est administrée par une assemblée générale, un conseil d'administration et un bureau.

L'assemblée générale

Quatre collèges sont représentés à l'assemblée générale :

• collège 1 : collectivités locales, établissements publics de coopération intercommunale et les associations les représentant
• collège 2 : associations loi 1901
• collège 3 : établissements publics de toutes catégories
• collège 4 : partenaires associés 

Le conseil d'administration

Alterre Bourgogne est administrée par un conseil d’administration composé de 26 membres élus pour une durée de 3 ans :

• 15 représentants du collège 1 (dont 7 conseillers régionaux et 1 conseiller économique et social)
• 6 représentants du collège 2
• 3 représentants du collège 3

Le bureau

Le bureau, élu par le conseil d'administration, est composé de 11 membres (dont 1 président, 1 vice-président, 1 trésorier, 1 secrétaire), soit :

• 6 représentants du collège 1 (dont 2 conseillers régionaux et 1 conseiller économique et social)
• 3 représentants du collège 2
• 1 représentant du collège 3