En 2009 (données provisoires), 84% des boues de stations d’épuration produites en Bourgogne ont fait l’objet d’une valorisation agronomique. 5% des boues ont été stockées et 10% incinérées. Le reste a été stocké dans des conditions non conformes, ou a été pris en charge par des vidangeurs ou encore a suivi une destination inconnue.

Le taux de valorisation agronomique des boues en 2009 est supérieur à celui de 2008 (75%). Il s’explique notamment par une plus forte valorisation agronomique des boues produites par la station de Dijon, qui représente à elle seule de l’ordre de 19% de la production régionale de boues. En 2009, 52% des boues de la station ont été compostées puis épandues en agriculture ou utilisées en revégétalisation de sites. En 2008, 87% des boues ont été incinérées.

La valorisation des boues se fait principalement par épandage agricole (70% des boues produites). L’organisation et le suivi des épandages se sont améliorés : 99% des boues épandues le sont dans un cadre organisé avec un plan d’épandage. Le compostage des boues, inexistant en 1998, s’est développé ces dernières années et concernent aujourd’hui 12% des boues produites et 50 stations d’épuration (dont des stations de taille importante comme Nevers et Sens).

En Côte d’Or, seulement 74% des boues produites font l’objet d’une valorisation agronomique. Le taux de valorisation agronomique est de 99% dans la Nièvre, 86% en Saône-et-Loire et de 97% dans l’Yonne. Seules la Nièvre et l’Yonne compostent une part importante des leurs boues (respectivement 45% et 35%).

Les quantités de boues épandues en Bourgogne ont diminué de près d’un quart entre 1997 et 1998, suite aux prises de position de la profession agricole. Depuis 2002, elles ont globalement augmenté pour atteindre, en 2009, près de 22 700 tonnes, dépassant ainsi les quantités épandues en 1997 (près de 17 000 tonnes). Le nombre d’agriculteurs acceptant des boues n'a pas cessé de diminuer entre 1997 et 2001, passant de 300 à 247 agriculteurs. Il a de nouveau augmenté à partir de 2002 pour atteindre 360 agriculteurs en 2009.

En 2009, l’épandage de boues d’épuration produites en Bourgogne a concerné environ 5 500 hectares, ce qui représente moins de 1% de la superficie agricole régionale.