En 2009, les collectes sélectives de biodéchets ont permis de collecter 11.666 tonnes de biodéchets, soit de l'ordre de 65 kg par habitant desservi¹. Cela représente de l'ordre de 2% des quelques 577.420² tonnes d'ordures ménagères mises à la collecte en Bourgogne en 2009. A ces collectes de biodéchets, s'ajoutent les collectes de déchets verts seuls qui ont permis de collecter 4.319 tonnes de déchets, soit 122 kg par habitant desservi³. Au total, ce sont près de 16.000 tonnes de déchets biodégradables qui ont été collectés sélectivement en 2009 en Bourgogne.
Les quantités de biodéchets collectés ont fortement diminué (-24%) par rapport à l’année 2008. Cela s'explique en partie par la fermeture de deux collectes de Saône-et-Loire dans le courant de l’année 2009.

L'ensemble de ces déchets biodégradables sont apportés à des stations pour y être compostés. La majeure partie du compost est valorisée en agriculture et en aménagement paysager. La destination du compost varie cependant selon les collectivités.

Toutes les collectivités ne font pas le choix de mettre en place de telles collectes sélectives. Certaines favorisent le compostage domestique. Dans l'Yonne, certaines collectivités ont à la fois une collecte sélective de biodéchets et des opérations de promotion du compostage domestique. En revanche dans la Nièvre la collecte sélective des biodéchets est plus présente que les opérations de promotion de compostage individuel.