À l’échelle de la Bourgogne, l'état de la biodiversité est contrasté selon les régions agricoles. Elle a tendance à régresser dans les zones de grandes cultures, viticoles ou de production laitière, où les aménagements et les pratiques agricoles ont souvent un impact sur les milieux (régression des haies et des zones humides par exemple) et les espèces, qu’elles soient sauvages ou domestiques. Néanmoins, depuis quelques années, des dispositifs permettent aux agriculteurs de mieux gérer la biodiversité comme avec la mise en place de bandes enherbées. D’autre part, des initiatives sont actuellement mises en place pour limiter l’utilisation de pesticides. Un des enjeux pour la l’agriculture consiste aujourd’hui à se réapproprier progressivement la biodiversité et à mieux exploiter les services écologiques tels que la pollinisation, le recyclage des matières organiques, auxquels elle a substitué des intrants chimiques (pesticides, fertilisants).